"Gakuen Alice" raconte l’histoire d’une petite fille de 10ans, Mikan Sakura, qui devient dépressive suite au transfert de sa meilleure amie, Hotaru Imai, dans une école spéciale pour les « Génies » à Tokyo. Après avoir entendu les rumeurs horribles qui courent sur cette école, Mikan décide d’aller chercher sa meilleure amie elle-même, et constate à ses dépens que l’école n’accepte que des élèves possédant un « Alice ». Chaque élève possède un pouvoir propre à lui même (comme lire dans les pensées, voler, la télékinésie…) A sa propre surprise, un professeur de l’académie, Narumi, découvre qu’elle possède elle aussi un Alice unique et arrange son admission à l’école.

La lycéenne Mimi Kitagami essaie d'être la meilleure présidente du conseil des étudiants de son lycée. Mais elle a sans cesse affaire à trois garçons turbulents, et tombe amoureuse de l'un d'eux.

Sur le continent de Fronaldo, la République de Biscotti subit de violentes attaques d'un pays voisin, le Royaume des Galettes. Dans le but de défendre ses terres, la princesse Millhiore F.Biscotti décide d'invoquer un héros capable de sauver le pays. Cependant ce sera, Shinku Izumi, un simple collégien de la Terre, qui sera invoqué laissant tout à croire qu'il est le héros tant attendu. Ce dernier va se voir confier l'arme sacrée du nom de "Palladion" afin de combattre ses ennemis. Malgré son manque d'expérience, Cinque devra progresser et faire tout son possible afin de repousser l'envahisseur et ainsi sauver ses nouveaux amis.

C'est l'histoire de Saga, une fille ordinaire de onze ans vivant avec sa grand‑mère, et de Sugar, une apprentie fée des neiges.

D'une part, nous avons Saga qui travaille à mi‑temps dans un café et qui aime jouer du piano. Celle‑ci a la particularité d'être très pointilleuse en ce qui concerne les emplois du temps.
D'autre part, nous avons Sugar, une fée qui a été envoyée dans le monde des humains afin de trouver un éclat ce qui lui permettrait de devenir une fée des neiges accomplie. Un beau jour, Saga va faire la rencontre de Sugar dans un très mauvais état. En effet, la jeune apprentie est affamée. Tout commence lorsque Saga va nourrir Sugar avec une gaufre. À partir de ce jour‑là, la vie de Saga va être bouleversée car Sugar décide de vivre chez la jeune fille. Malheureusement pour Saga, Sugar est très maladroite et fait pleins de bêtises

Gon Freecss a presque douze ans, et son rêve est de devenir hunter (chasseur en anglais). Les hunters sont des aventuriers d'élite qui peuvent être chasseurs de prime, chefs-cuisinier, archéologues, zoologues, justiciers ou consultants dans divers domaines. Son père, Jin Freecss, qu'il ne connaît pas directement, est l'un des plus grands hunters de son temps. C'est aussi pour le retrouver que Gon veut devenir hunter.

Cependant l'examen de hunter, qui a lieu chaque année, est extrêmement difficile et périlleux. On dit qu'un candidat sur 10 000 arrive sur le lieu des épreuves et qu'un seul candidat tous les trois ans devient hunter à sa première tentative. Durant les épreuves, il n'est pas rare d'être blessé, voire tué par des monstres, des pièges ou même d'autres concurrents...